市民課
市民係
戸籍、住民基本台帳に関すること。おおいた広域窓口交付サービスに関すること。本人通知制度、個人番号カードに関すること。一般旅券の発給申請の受付及び交付に関すること。
市民の窓係
市民の要望、苦情等の処理や各種相談に関すること。行政相談、消費生活相談に関すること。自治委員に関すること。
清掃課
庶務係
一般廃棄物（ごみ）に係る処理計画の策定、減量、3R（リデュース、リユース、リサイクル）の推進、処理業の許可、処理業許可業者の指導・監督に関すること。家庭から排出されるごみの収集、運搬、集積場所、指定ごみ袋等に関すること。不法投棄の予防啓発、調査、処理に関すること。
施設管理係
中間処理施設や一般廃棄物最終処分場の整備及び維持管理（廃止済み清掃施設の維持管理を含む。）並びに施設への廃棄物の搬入許可、搬入車両の受付、計量、指導及び処理手数料に関すること。
環境対策課
環境対策係
環境保全に関する企画及び調整に関すること。地球温暖化対策の推進に関すること。環境審議会に関すること。資源の有効な利用の推進に係る連絡調整に関すること。環境美化に関すること。公害に関すること。騒音規制法、振動規制法及び悪臭防止法に関すること。建設工事に係る資材の再資源化等に関すること。自然環境の保全等に関すること。火葬・改葬の許可及び火葬場の管理運営に関すること。市営墓地の管理に関すること。クリーンセンターの維持管理に関すること。
税務課
市民税係
市民税及び軽自動車税に関すること。市たばこ税、鉱産税及び入湯税に関すること。
固定資産税係
固定資産税及び都市計画税に関すること。国有資産等所在市町村交付金に関すること。特別土地保有税に関すること。
収納係
市税等の徴収、滞納整理、欠損処分に関すること。納税思想の普及に関すること。税務関係事務の連絡調整、税に関する制度の調査及び研究に関すること。市税等の諸証明に関すること。
債権管理係
債権管理の指導及び調整、移管を受けた未収債権の債権管理、佐伯市債権管理対策本部に関すること。個人の県民税、市税等の還付に関すること。